虽然泰国三代试管的优势很明显，但是它的弊端同样也是显而易见的。比如说相比于国内的试管，在泰国做第三代试管的费用还是颇高的，普通家庭可能会觉得费用不划算，而且还是海外就医，涉及到很多方面的因素，不确定性太高。

另一个弊端是做试管婴儿会相应的增加多胎妊娠的风险，并且多胎妊娠并发症对人体的影响还是非常大的，多胎妊娠的影响严重的会造成胎儿畸形，早产，贫血等症状，还有双胎输血综合征等严重并发症。